Предприятие было образовано в виде опытного завода в апреле 1951 года для удовлетворения потребности в новых технических средствах службы обеспечения специальной связи.

Основными направлениями деятельности ФГУП "НТЦ "Атлас" являются:
Защита информации в ведомственных и корпоративных информационно-телекоммуникационных системах
(далее – ИТКС):
Разработка, реализация и сопровождение защищенных ИТКС, связанных с обработкой сведений, составляющих государственную тайну, также сведений конфиденциального характера;
Поставка и установка сертифицированных ФСБ России средств криптографической защиты информации, а также сертифицированных средств защиты от НСД с последующим сервисным обслуживанием;
Подготовка специалистов по установке, настройке и эксплуатации средств криптографической защиты информации, а также средств защиты от НСД;
Проведение обследования ИТКС Заказчика с выдачей рекомендаций по организации защиты информации в системе;
Разработка средств криптографической защиты информации, средств защиты информации от несанкционированного доступа, защищенных операционных систем;
Тематические исследования и сертификационные испытания средств криптографической защиты информации, средств защиты информации от несанкционированного доступа.
Разработка и изготовление защищенных сотовых телефонов.
Проведение специальных исследований технических средств на побочные электромагнитные излучения и наводки.
Проведение специальной проверки технических средств.
Проведение работ по выявлению электронных устройств перехвата информации в помещениях и технических средствах.
Проведение работ по созданию и обеспечению информационной безопасности Официальных Интернет-представительств (Интернет-сайтов) ОГВ РФ и др.
Защита электронного документооборота на базе сертифицированных программных платформ и средств.
Проведение работ по созданию современных защищенных и функциональных программных платформ и средств, сертифицированных по требованиям информационной безопасности.
Создание удостоверяющих центров систем электронного документооборота и удостоверяющих центров других систем.
Сопряжение разнокатегорированных сетей.
Выполнение научно-исследовательских, опытно-конструкторских работ и иных работ в области разработки подсистем и программно-технических средств защиты информации в ИТКС.
Производство интеллектуальных пластиковых карт с отечественным микропроцессором для удовлетворения потребностей государственных органов, банковских структур и коммерческих организаций, а также защиты интересов граждан Российской Федерации.
Разработка систем компьютерного учета и контроля подакцизных товаров.
Разработка отечественных высокозащищенных голографических защитных знаков.
Разработка дизайна, изготовление и поставка голографических защитных элементов для защиты от подделки и копирования документов, ценных бумаг и изделий, а также для защиты от несанкционированного доступа помещений и оргтехники.
Разработка и поставка специальных защитных марок с голографической и с криптографической защитой (использование электронно-цифровой подписи).